《工作任务》指出，新一轮医改启动以来，群众看病难、看病贵问题得到明显缓解。2015年人均预期寿命达到76.34岁，比2010年提高1.51岁，人民健康水平总体上达到中高收入国家平均水平，居民个人卫生支出占卫生总费用比重下降到30%以下，为近20年来的最低水平。2016年要进一步突出重点领域和关键环节，增强改革创新力度，进一步推进医疗、医保、医药三医联动，强化改革整体性、系统性和协同性，进一步提高改革行动能力，推进政策落实。
《工作任务》提出2016年的重点任务主要有：一是全面深化公立医院改革。公立医院综合改革试点城市扩大到200个。巩固完善县级公立医院综合改革，同步推进公立中医医院综合改革。落实政府责任，健全科学补偿机制。完善公立医院管理体制，深化编制人事制度改革，加快建立符合医疗卫生行业特点的薪酬制度。严格控制医疗费用不合理增长，大力改善医疗服务。二是加快推进分级诊疗制度建设。在70%左右的地市开展分级诊疗试点。扩大家庭医生签约服务，在200个公立医院综合改革试点城市开展家庭医生签约服务。提升基层服务能力，完善不同级别医疗机构功能定位、医保支付等配套政策。三是巩固完善全民医保体系。推进建立稳定可持续的筹资和保障水平调整机制，加快推进基本医保全国联网和异地就医结算，到2017年，基本实现符合转诊规定的异地就医住院费用直接结算。推进整合城乡居民基本医保制度，巩固完善城乡居民大病保险和医疗救助制度，大病保险政策对包括建档立卡贫困人口、五保供养对象和低保对象等在内的城乡贫困人口倾斜。四是健全药品供应保障机制。巩固完善基本药物制度，全面推进公立医院药品集中采购，健全药品价格形成机制，构建药品生产流通新秩序，提高药品供应保障能力。
《工作任务》还对建立健全综合监管体系、加强卫生人才队伍建设、稳固完善基本公共卫生服务均等化制度、推进卫生信息化建设、加快发展健康服务业、加强组织实施等工作作出了部署。《工作任务》明确了各项改革任务的负责部门，对部分工作任务提出了时间和进度要求。